Papermasters Anstellung bei Apple war 2008 ein Rechtsstreit mit IBM vorausgegangen. IBM warf seinem früheren Mitarbeiter vor, mit dem Wechsel zu Apple gegen ein vereinbartes Konkurrenzverbot zu verstoßen. Im Januar 2009 legten die beiden Parteien den Streit mit einem Vergleich bei. Allerdings konnte Papermaster seinen Job bei Apple erst sechs Monate nach seinem Ausscheiden bei IBM antreten.

Bei Apple wurde Papermaster Senior Vice President und Chef der Hardwareentwicklung für iPhone und iPod. Jetzt hat Apple den Lebenslauf von Papermaster schon von seiner Website entfernt. Dem New-York-Times-Bericht zufolge soll Bob Mansfield, derzeit Senior Vice President für die Hardwareentwicklung der Mac-Sparte, die Nachfolge übernehmen.

Im April 2009 hatte Papermaster die Verantwortung für Design und Entwicklung des iPhone übernommen. Wahrscheinlich steht sein Weggang in Zusammenhang mit denen als Antennagate bezeichneten Empfangsprobleme des iPhone 4. Unmittelbar nach der Einführung des Smartphones im Juni hatten sich Kunden über Verbindungsabbrüche beschwert. Sie treten auf, wenn der Nutzer das iPhone an der linken unteren Ecke hält, da durch die Berührung die Funktion der im Gerät eingebauten Antenne beeinträchtigt werden kann.

Mitte Juli hatte Apple zu diesem Thema eine Pressekonferenz angesetzt, zu der Steve Jobs nicht von Papermaster, sondern von COO Tim Cook und Bob Mansfield begleitet wurde. Das Unternehmen versprach Kunden eine Gratis-Schutzhülle, um das Empfangsproblem zu beheben.