Forscher des Gregor Mendel Institut für Molekulare Pflanzenbiologie (GMI) der Österreichischen Akademie der Wissenschaften (ÖAW) können ab sofort den Supercomputer MENDEL für ihre Forschungen nutzen. Damit wird der Forschungsstandort Wien aufgewertet und der Ruf als Forschungseinrichtung für Grundlagenforschung gestärkt.
Die enormen Datenmengen, die aktuelle naturwissenschaftliche, molekularbiologische Messmethoden erzeugen, soll MENDEL schnell verarbeiten und analysieren können. Der Supercomputer lässt sich mit bis zu 10.000 Computerkernen ausgestatten und bezieht die Datenmengen über ein Hochgeschwindigkeitsnetzwerk.
MENDEL ist ein Silicon Graphics ICE-X-System bestehend aus vier ICE-X Racks für Dakota IP113 Blade Systeme in einer SGI D-Zelle für Hochtemperatur-Wasserkühlung (bis über 30 Grad Eingangswassertemperatur). 72 Nodes passen in jedes Rack. Von den vier Racks ist eines bereits komplett mit 72 Nodes á 2 Sandybridge E5-2650 2GHz mit acht Cores und 64 GByte RAM gefüllt. Der Supercomputer lässt sich einfach mit weiteren Nodes erweitern. Damit ist MENDEL auch für die Zukunft gut gerüstet.
“Werkzeuge wie ‘MENDEL’ erlauben es uns, Genome einer großen Anzahl individueller Pflanzen zusammenzubauen und zu vergleichen, sowie die genetische Basis sich natürlich verändernder und für die Anpassung wichtiger Merkmale zu erforschen. Das Gregor Mendel Institut hat sich mit diesem Hochleistungsrechner für die heutige und zukünftigen Ansprüche gerüstet, um im Vergleich mit internationalen Top-Institutionen auch weiterhin bestehen und Spitzenforschung auf höchstem Niveau sichern zu können,” so Dr. Magnus Nordborg, wissenschaftlicher Leiter des Gregor Mendel Instituts der ÖAW.
MENDEL kommt unter anderem zum Einsatz, um den Einfluss von verschiedenen Umweltbedingungen auf Organwachstumsprozesse der Pflanzenwurzel zu untersuchen. Dafür analysiert der Supercomputer zunächst hunderttausende hochauflösende Digitalfotos und verarbeitet die Ergebnisse, um die Auswirkung jedes Einzelnen der 120 Millionen DNA-Bausteine des Pflanzengenoms auf diese Prozesse zu untersuchen.
Auch andere Forschungseinrichtungen können den Supercomputer für ihre Projekte nutzen. Beim MENDEL Supercomputing Center können interessierte Forscher die notwendige Rechenzeit für ihre Projekte buchen.
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