Dazu gehört unter anderem das Schengen Informationssystem II und das Visa-Informationssystem. Auch die Fingerabdruckdatenbank für Asylbewerber und illegale Einwanderer wird in den Zuständigkeitsbereich der neu gegründeten Agentur fallen.
Deren Organisation wird international aufgeteilt. Hauptsitz wird in der estnischen Hauptstadt Tallin sein, der operative Betrieb und die Entwicklung finden in Straßburg statt. In Österreich, genauer in Sankt Johann im Pongau, gibt es eine Backup-Installation. Dies erklärt sich dadurch, dass dort bereits jetzt Schengen-Infrastruktur in Betrieb ist.
An der Spitze der Behörde steht ein Verwaltungsrat, zu dem je ein Vertreter der 27 Mitgliedsländer gehören wird. Hinzu kommt jeweils ein Abgesandter aus den Ländern Island, Norwegen, Schweiz und Liechtenstein. Zu diesen Staaten unterhält die Europäische Union besondere Beziehungen.
Das Schengen Informationssystem II soll 2013 an den Start gehen. Für das Visa-Informationssystem gilt aktuell der “Herbst 2011” als Starttermin – eigentlich hätte das System bereits 2009 zur Verfügung stehen sollen. Die ‘Agency for large scale IT systems’, bei der die Informationen zusammenlaufen sollen, wird von Sicherheitsexperten auch kritisch gesehen. Sie geben zu bedenken, dass eine solche Agentur als Angriffsziel für Hacker prädestiniert sei.
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